Fethullah-ı Verkânisî vefât edeceği günün sabahı ebedî yolculuk için gerekli hazırlıkları yaptı. Rabbinin huzûruna temiz çıkmak için gusül (boy) abdesti aldırıldı. Sağ tarafının üzerine kıbleye karşı yatırılmasını istedi. Bir an evvel Allahü teâlâya kavuşmayı arzuluyordu. Zaman zaman diğer yanı üzerine de çevriliyordu. Bâtın hâliyle Allahü teâlâyı zikrediyordu. Yâni sesli olarak herhangi bir tesbih veya kelime söylemiyordu. Vefâtı yaklaştığı sırada misvakının yıkanarak kendisine verilmesini söyledi. Misvakını yıkayıp getirdiler. Bir defâ dişlerini misvakladı. Fakat kollarını oynatacak tâkatı kalmadığı için talebelerinden birisi misvakı alıp, onun dişlerini misvaklamaya devâm etti. Ayrıca hocasının halîfelerinden Molla Reşîd'e; Yâsîn sûresini okumasını söyledi. Yâsin-i şerîf bitince, Şeyh Fethullah-ı Verkânisî; "Lâ ilâhe illallah." dedi ve yüzünün su ile mesh edilmesini istedi. Fethullah-ı Verkânisî Allahü teâlâya kavuşma vaktine yaklaştıkça yüzü güzelleşiyordu. Nihâyet 1899 (H.1317) senesi Cemâziyelevvel ayının 21. Salı günü Bitlis'te vefât etti. Defin için gerekli hazırlıklar yapıldı. İnsanlar grup grup cenâze namazını kıldılar. Vasiyeti üzerine evinin yanında defnedildi.